El origen de la Parroquia de nuestra ciudad se remonta, pues, a una Capellanía Castrense, por ser la Guardia de Luján una guarnición militar en sus comienzos.
La institución del clero castrense data de 1736 , al ser proclamada la Virgen de las Mercedes "patrona" de la campaña bonaerense en 1742 por mercedario Fray Nuño del Aguila, el culto a la Virgen Redentora de cautivos se hizo más extendido y efectivo en los pueblos de la frontera, que en otros lugares.
El 20 de abril de 1834, por bula de Pío XI, el viejo Templo que se construyó por decisión de Rosas, fue demolido en 1904, , dando lugar a la erección de la actual Basílica Catedral, inaugurada el 16 de abril de 1921, la Parroquia de Mercedes adquirió la dignidad de Iglesia Catedral, por Bula Papal de 1934.